Le syndicat Jeunes Médecins,  l’InterSyndicale Nationale des Internes et le Conseil National de l’Ordre des médecins ont demandé le 19 mars au juge des référés du Conseil d’Etat d’enjoindre au Gouvernement, d’une part, de prononcer un confinement total de la population, d’autre part, de prendre les mesures propres à assurer la production à échelle industrielle de tests de dépistage et le dépistage des personnels médicaux. Sont également intervenus au soutien de cette demande.

Le juge des référés a rejeté la demande d’un confinement total relevant qu’« un confinement total tel que celui demandé par les requérants pourrait avoir des implications graves pour la santé de la population. Ainsi, le ravitaillement à domicile ne peut être organisé sur l’ensemble du territoire national, compte tenu des moyens dont l’administration dispose, sauf à risquer de graves ruptures d’approvisionnement et à retarder l’acheminement de matériels indispensables à la protection de la santé. En outre, la poursuite de certaines activités essentielles, telles que celle des personnels de santé ou des personnes participant à la production et à la distribution de l’alimentation, implique le maintien d’autres activités dont elles sont tributaires (notamment le fonctionnement, avec des fréquences adaptées, des transports en commun).» selon un communiqué du Conseil d'Etat.

Par ailleurs, le juge des référés a considéré que, « si l’économie générale de ces mesures ne révèle pas une carence des autorités publiques, la portée de certaines dispositions présente néanmoins un caractère ambigu au regard en particulier de la teneur des messages d’alerte diffusés à la population.
Il en va ainsi de la dérogation pour les « déplacements pour motif de santé », sans autre précision quant à leur degré d’urgence.
Pareillement, la dérogation pour les « déplacements brefs, à proximité du domicile, liés à l'activité physique individuelle des personnes, à l'exclusion de toute pratique sportive collective, et aux besoins des animaux de compagnie » apparaît trop large, notamment en rendant possibles des pratiques sportives individuelles, telles le jogging. Il en va de même du fonctionnement des marchés ouverts, sans autre limitation que l’interdiction des rassemblements de plus de cent personnes, dont le maintien paraît autoriser dans certains cas des déplacements et des comportements contraires à la consigne générale.»

Par  conséquent, le juge des référés du Conseil d'Etat a enjoint au Gouvernement de préciser la portée de la dérogation au confinement pour raison de santé, réexaminer, dans le même délai le maintien de la dérogation pour « déplacements brefs, à proximité du domicile » compte tenu des enjeux majeurs de santé publique et de la consigne de confinement et  évaluer les risques pour la santé publique du maintien en fonctionnement des marchés ouverts, compte tenu de leur taille et de leur niveau de fréquentation.

En ce qui concerne les mesures relatives au dépistage, le juge des référés a estimé que « les autorités ont pris les dispositions avec l’ensemble des industriels en France et à l’étranger pour augmenter les capacités de tests dans les meilleurs délais. La limitation, à ce jour, des tests aux seuls personnels de santé présentant des symptômes du virus résulte d’une insuffisante disponibilité des matériels.»