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Le député Philippe Meunier a souhaité avoir confirmation du fait qu'au regard des nouvelles dispositions introduites par la loi portant réforme de l'hôpital et relative aux patients, à la santé et aux territoires, l'ensemble des centres hospitaliers situés sur le territoire français constituait bien des établissements publics de l'État. 
En effet, dans l'affirmative, les demandes de permis de construire formées par les centres hospitaliers devraient être sollicitées auprès du préfet, conformément aux dispositions de l'article R. 422-2, a, du code de l'urbanisme qui prévoit que le préfet est seul compétent pour délivrer les permis de construire, d'aménager ou de démolir relatifs aux projets réalisés pour le compte de l'État et de ses établissements publics.

Dans une réponse formulée le 1er mai 2012, le ministère de la Santé précise qu'en l'absence de dérogation explicite, les hôpitaux se trouvent assujettis aux mêmes règles que l'Etat et que ses établissements publics. 
Ainsi, et bien que le dossier de demande d'autorisation soit déposé à la mairie de la commune dans laquelle les travaux sont envisagés, conformément à l'article R. 423-1 du code de l'urbanisme, c'est l'autorité préfectorale, au nom de l'Etat, qui a compétence pour se prononcer sur les permis de construire, d'aménager ou de démolir ainsi que sur un projet faisant l'objet d'une déclaration préalable, dans les conditions prévues par l'article L. 422-2 du code de l'urbanisme. 
Le préfet donc bien seul compétent pour délivrer les autorisations d'urbanisme des établissements publics de santé.